つなぎ融資は無担保が基本なので、つなぎ融資を利用した土地の決済の段階では抵当権の設定をしない分、登録免許税などの登記費用は安く済みますが、通常の住宅ローンに比べて金利はやや高めになります。
ハウスメーカーで建てる場合、ある程度自己資金に余裕がある方であれば、土地の決済(1回目の融資実行)の段階では元金据置返済を選んでなるべく多めに借りておいて、その後の建物の建築中に発生する何回かの支払い分を自己資金から支払いができると、つなぎ融資を使わずに通常の2回の分割実行でいけるのでスムーズかもしれません。